Petit explication,
En fait le compilateur Adobe recherchait flex-config.xml dans le dossier courant (l'utilisateur en l'occurence). Avec cette ligne de commande on créé un lien symbolique du fichier courant vers /Library/Flex2/frameworks/, ce qui règle le problème. :)

Sachant ça il nous suffit de nous déplacer dans le bon dossier ce qui nous évitera de créer un lien symbolique

cd /Library/Flex2/frameworks/

Et ensuite d'utiliser la ligne de commande pour compiler :

java -jar /Library/Flex2/lib/mxmlc.jar -compiler.library-path ./ -file-specs [monFichier.as]
Résumons :
  1. Charger FlexBuilder2_B1_Install_01-30.exe.
  2. Lancer le script shell_unzip via le Terminal pour décompresser les compilateur et le plasser dans un dossier DD/Library/Flex2.
  3. Faire un fichier .as ou .mxml à compiler (Test.as ici) :
    package {
	import flash.display.Sprite;
	import flash.display.TextField;
 
	public class Test extends Sprite 
	{
 
		private var __test_txt:TextField;
 
		public function Test() 
		{
			__test_txt = new TextField();
			__test_txt.text = "Hello AS3!";
			this.addChild(__test_txt);
		}
	}
}
  4. Lancer la commande : 
    cd /Library/Flex2/frameworks/
java -jar /Library/Flex2/lib/mxmlc.jar -compiler.library-path ./ -file-specs [monFichier.as ou .mxml]
    Ou utilisé la nouvelle version de AS3toSWF_beta, il suffit de glisser le fichier (.as ou .mxml) dessus et ça compile. ;)

Amusez vous bien ;)